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微生物基因組DNA序列標準RM8375的結構特點

發布時間: 2022-11-28  點擊次數: 1052次

微生物基因組DNA序列標準RM 8375旨在用于微生物全基因組測序的驗證、優化、過程評估和性能評估。特別注意評估基因組序列。該材料旨在幫助評估高通量微生物 DNA 測序方法的性能。該基因組 DNA 已從細胞培養物中提取。因為 RM 是提取的 DNA,所以它不評估 DNA 提取等分析前步驟。然而,它確實對測序文庫制備、測序機器、堿基調用算法和隨后的生物信息學分析提出了挑戰。微生物基因組DNA序列標準RM 8375并非旨在評估其他生物信息學步驟,例如菌株鑒定、系統發育分析或基因組注釋。基因組 DNA 的純度被評估為適合這些目的。

微生物基因組DNA序列標準RM 8375的一個單元由四個小瓶組成。每個小瓶包含不同的微生物基因組 DNA 樣本(MG-001 鼠傷寒沙門氏菌 LT2、MG-002 金黃色葡萄球菌、MG-003 銅綠假單胞菌和 MG-004 產孢梭菌)。


微生物基因組DNA歸納起來主要有如下特點: 

一.  原核生物基因組較小,DNA 分子由環狀雙鏈或鏈狀 DNA 分子組成。 原核生物基因組結構緊密,  基因間隔序列很少, 蛋白質編碼序列在基因組中所占的比例很高(75%~90%), 基因常以操縱子形式存在,  其中的結構基因為多順反子。 原核生物基因結構比較簡單,蛋白質編碼基因是從起始密碼子開始到終止  密碼子結束,長度為 3 的整數倍的一段連續的 DNA 片段。 

 二.  除少數幾個物種外(主要是古細菌),原核生物的基因是一段連續的 DNA 序列,基因組中幾乎  沒有斷裂基因。在大多數情況下,編碼蛋白質的結構基因在細胞染色體中是單拷貝的,但編碼 rRNA 的  基因往往是多拷貝的。 

三.  原核生物基因組中存在重復序列(repeat  sequences)。但是存在一些可以在基因組中移動,并可  在生物體之間轉移的轉座元件(transposable elements),如插入序列(insertion sequences)等,在基因或操縱  子的終點往往具有特殊的終止序列,可導致轉錄終止和 RNA 聚合酶從 DNA 鏈上脫落。原核生物基因  組結構(如圖 2.5 所示)。

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